يعد مشروع ترميم وصيانة جامع محمد علي من مشاريع الترميم التي تم تمويلها ذاتيًا، وقد تضمنت المرحلة الأولى من العمل تنظيف تكسيات الألباستر بصحن المسجد، وترميم النسيج الحائطي بالمسجد، كما تم الانتهاء من ترميم مفرشين سيرما بضريح محمد علي، وجاري حاليًا ترميم وصباغة براقع وستائر الضريح. كذلك نقل السجاد الأثرى من الجامع إلى معمل الأغاخان بالقلعة ويجري حاليًا ترميمه.